В процессе ввода данных в слой новый объект физически записывается в конец графической базы данных. Если территориальные объекты добавляются в графическую базу данных хаотично, то образующееся при этом неупорядоченное местонахождение объектов на диске друг относительно друга может замедлять процессы построения слоя (с большим числом объектов), его анализа, осуществления запросов, несмотря на наличие пространственной индексации. В связи с этим, в ходе массового ввода объектов слоя рекомендуется периодически производить оптимизацию графической базы данных, заключающуюся в физическом упорядочении месторасположения в ней объектов слоя по определенному принципу (похоже на дефрагментацию дискового пространства).

Для оптимизации графической базы слоя следует выбрать пункт меню Слой|Оптимизация…. При этом на экране появится диалог выбора слоя, в котором нужно выбрать слой, подлежащий оптимизации. За выбором слоя последуют упорядочение базы и ее автоматическая переиндексация. В процессе упорядочения графической базы данных попутно выполняется и процесс ее сжатия. Следует отметить, что оптимизация слоя возможна только для индексированного слоя и только в том случае, если слой не находится в режиме редактирования.