Для того чтобы отменить все ранее созданные группы во всех слоях карты:

Чтобы отменить группу только в одном слое, в списке загруженных слоев напротив слоя, в котором требуется отменить группу, нужно нажать кнопку . Также данная кнопка доступна в списке слоев карты (Карта|Слои).

Отмена группы соответствует методу Layer.Selection.Clear.